戦国時代になると、南蛮貿易などを通じた食品の輸入が本格化した。この時代には新大陸（南北アメリカ大陸）の食材ももたらされている。ジャン・クラッセ の『日本西教史』には「日本人は、西洋人が馬肉を忌むのと同じく、牛、豚、羊の肉を忌む。牛乳も飲まない。猟で得た野獣肉を食べるが、食用の家畜はいない」と書かれている。宣教師フランシスコ・ザビエルは日本の僧の食習慣を真似て肉食をしなかったが、その後の宣教師は信者にも牛肉を勧め、1557年（弘治3年）の復活祭では買った牝牛を殺して飯に炊き込んで信者に振舞っている[6]。『細川家御家譜』には、キリシタン大名の高山右近が小田原の役の際、蒲生氏郷や細川忠興に牛肉料理を振舞ったことが書かれている。曲直瀬道三の養子曲直瀬玄朔は医学書『日用食性』の中で、獣肉を羹（具がメインのスープ）、煮物、膾、干し肉として食すればさまざまな病気を治すと解説している。ただし当時の医学書には中国文献の引き写しも多く、日本では手に入らない食材なども書かれており、実際に行われていたかどうかは明らかではない。また、戦国時代末期の日本語を収録した『日葡辞書』には「Cacho ブタ」と記されており[7]、地方によっては豚（家猪）が飼われていたものと見られる。また、戦国末期からは阿波などで商業捕鯨が始まっている。
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ただし京などで獣肉が一般的に食されていたとは言えず、例えば秀吉が後陽成天皇を聚楽第に招いた際の献立にも入れられていない。特に牛馬の肉を食べることは当然の禁忌であり、1587年（天正15年）、秀吉は宣教師ガスパール・コエリョに対して「牛馬を売り買い殺し、食う事、これまた曲事たるべきの事」と詰問し、それに対してコエリョは「ポルトガル人は牛は食べるが馬は食べない」と弁明をしている。