皮膚呼吸（ひふこきゅう）は、皮膚を利用した呼吸のことである。
動物は、肺や気管、あるいは鰓のように体外とのガス交換のための器官を備えるものが多いが、そのような構造を持たないものもある。そのような場合、ガス交換は全身の皮膚で行われている。これを皮膚呼吸という。それなりの呼吸器官を持つものでも、皮膚の柔らかいものは一定量の皮膚呼吸をしていると考えられる。特に小型の動物では皮膚呼吸だけで十分なガス交換ができるので、特定の呼吸器官を持たない場合が多い。
脊椎動物では両生類や爬虫類は、肺で呼吸するほかに皮膚や粘膜を利用した皮膚呼吸も行っている。咽喉部や総排泄腔の内壁に毛細血管の豊富な部位があり、この部分がガス交換に関与している。肺呼吸と皮膚呼吸を併用できるのは、肺静脈と大静脈の血液が互いに混じり合う心臓の構造（二心房一心室）によるところが大きい。
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ヒトなど哺乳類や鳥類は、心臓が2心房2心室で動脈血と静脈血が完全に分離されて循環するため、末梢の毛細血管を流れる血液に酸素を取り込む能力は著しく低い。ヒトやハトなどで計測されたデータから、皮膚からは取り入れられる酸素は呼吸量の1%に満たないことが明らかになっている。